儿童保健部下设儿童生长发育科、儿童营养与喂养科、身高促进、儿童心理卫生科、新生儿疾病筛查中心、儿童听力筛查中心、儿童眼保健科、儿童口腔保健科、儿童康复科、儿科和新生儿科。

主要开展儿童健康体检、婴幼儿科学喂养指导、婴幼儿生长发育评估与监测、婴幼儿营养评估与指导、儿童心理发育评估与咨询、儿童身高促进门诊、儿童早期发展门诊（小儿脑瘫早期筛查.高危儿管理等）、儿童骨密度检测、儿童听力保健、眼保健门诊（视力检查、屈光筛查、弱视、斜视、近视等防治）、儿童口腔保健、儿童康复训练（言语、认知、感统、手工、理疗等）、托幼机构儿童卫生保健工作管理等相关工作，为全市儿童提供全面、系统、连续的医疗保健服务。